Kekurangan Sistem Pemerintahan Orde Baru

• Semaraknya korupsi, kolusi, nepotisme
• Pembangunan Indonesia yang tidak merata dan timbulnya kesenjangan pembangunan antara pusat dan daerah, sebagian disebabkan karena kekayaan daerah sebagian besar disedot ke pusat
• Munculnya rasa ketidakpuasan di sejumlah daerah karena kesenjangan pembangunan, terutama di Aceh dan Papua
• Kecemburuan antara penduduk setempat dengan para transmigran yang memperoleh tunjangan pemerintah yang cukup besar pada tahun-tahun pertamanya
• Bertambahnya kesenjangan sosial (perbedaan pendapatan yang tidak merata bagi si kaya dan si miskin)
• Pelanggaran HAM kepada masyarakat non pribumi (terutama masyarakat Tionghoa)
• Kritik dibungkam dan oposisi diharamkan
• Kebebasan pers sangat terbatas, diwarnai oleh banyak koran dan majalah yang dibredel
• Penggunaan kekerasan untuk menciptakan keamanan, antara lain dengan program "Penembakan Misterius"
• Tidak ada rencana suksesi (penurunan kekuasaan ke pemerintah/presiden selanjutnya)
• Menurunnya kualitas birokrasi Indonesia yang terjangkit penyakit Asal Bapak Senang, hal ini kesalahan paling fatal Orde Baru karena tanpa birokrasi yang efektif negara pasti hancur.
• Menurunnya kualitas tentara karena level elit terlalu sibuk berpolitik sehingga kurang memperhatikan kesejahteraan anak buah.